Trong PES 3, các pha đá phạt không quá khó thực hiện. Chỉ cần nắm vững lý thuyết và khả năng của cầu thủ, tập luyện đầy đủ và đúng phương pháp, bất cứ ai cũng có thể trở thành một chân sút phạt nguy hiểm.
Các điểm căn bản cần lưu ý khi sút phạt được thể hiện trong hình dưới đây. Sút phạt được chia thành 2 loại cơ bản là sút với 1 cầu thủ và sút với 2 người cùng phối hợp.
Khi sút bằng 1 cầu thủ, các động tác sút được thực hiện bằng nút . Giữ thêm khi lên lực, bóng sẽ bay ở mức mạnh nhất có thể. Giữ thêm , bóng sẽ đi nhẹ nhất. Ấn hoặc giữ thêm một trong hai nút và sau khi lên lực sẽ có tác dụng khiến bóng xoáy sang hai bên.

Nút và cũng có tác dụng điều chỉnh lực sút lần lượt theo chiều hướng tăng và giảm nhưng ở mức độ nhỏ hơn. Để thực hiện điều đó, game thủ hãy ấn một trong hai nút trên sau khi đã lên lực.
Để thực hiện một pha sút phạt 2 người, hãy ấn nút và để “gọi” thêm một cầu thủ nữa. Sau đó hãy ấn và để cầu thủ đó chuyền bóng cho đồng đội đứng cạnh. Nếu ấn và , anh ta sẽ tự mình thực hiện luôn một cú sút thẳng.
Dưới đây sẽ là một số kiểu sút phạt nâng cao thường gặp trong thi đấu. Chúng thường phức tạp hơn vì đòi hỏi sự kết hợp của nhiều nút, tuy vậy hiệu quả mang lại cũng cao nếu làm đúng cách.

Sút phạt sệt dùng nút nên được dùng khi quả đá phạt ở cự ly thật gần. Khi đó, hãy giữ nút và ấn để cầu thủ sút bóng và nên lên hết lực để bóng đi mạnh hơn. Cách sút bóng sệt kiểu này thường rất xoáy theo má trong, vì thế nên chọn góc sút một cách cẩn thận.
Các pha sút phạt ở cự ly khoảng 22m có thể áp dụng cách như hình dưới đây. Sử dụng các nút , và kết hợp xoáy bóng về góc không có thủ môn sẽ tạo ra một cú sút cầu âu vào góc chết. Cú sút này kiểu này có thể áp dụng khi quả phạt chếch về bất cứ hướng nào, chỉ cần lưu ý là luôn chọn góc không có thủ môn để sút.

Ở cự ly xa hơn một chút, game thủ có thể không dùng nút mà chỉ dùng thêm nút kết hợp xoáy bóng. Tùy theo lực sút của cầu thủ, kiểu này này có thể áp dụng khi điểm sút phạt cách khung thành tới khoảng 28m. Tất nhiên lúc đó, cầu thủ sút phạt cần phải có chỉ số Shot Power thật cao như C.Ronaldo. vs Ronaldinho

Ở cự ly khoảng hơn 30m, các chân sút như C.Ronaldo vẫn có thể gây ra nguy hiểm nhờ kiểu sút kết hợp nút , nút và xoáy bóng. Tất nhiên, lúc này cần lên lực mạnh hơn để đảm bảo bóng vẫn đi với tốc độ cao khi tới khung thành.

Kiểu sút bóng 2 người không đòi hỏi người sút phải có các chỉ số Free Kick (Sút phạt) và Curve (Xoáy bóng) cao. Bù lại, anh ta phải có lực sút tốt và khả năng sút chính xác cao vì khi bóng được đẩy ra, cú sút sẽ được tính như pha dứt điểm bình thường. C.Ronaldo hay Ibrahimovic là các chuyên gia trong những tình huống như thế này.

Kiểu sút phạt đẩy ra này có thể sút cả vào góc có thủ môn lẫn góc trống của khung thành. Chỉ cần tránh được vị trí đứng của hàng rào, một cú sút thật lực sẽ tạo ra nguy hiểm lớn cho đối thủ.

Game thủ cũng có thể lừa đội bạn bằng cách cho cầu thủ đứng cạnh bóng sút ngay mà không chuyền cho đồng đội dứt điểm. Khi đó, anh ta cần giữ thêm khi thực hiện các thao tác lên lực, giữ nút phụ khác và xoáy bóng giống như khi sút phạt một mình.
Điểm cuối cùng cần quan tâm là với mỗi cầu thủ, các chỉ số và dáng sút phạt sẽ khác nhau, do đó để đạt hiệu quả cao, game thủ nên tập với một vài cầu thủ thường dùng trong thi đấu. Công thức trên áp dụng cho toàn bộ cầu thủ trong PES.